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光之美少女在参加乐园举办的礼服舞会时，发现可可与果果消失不见，并遭受一对兄弟攻击。经询问后，原来兄弟俩被坏人利用，所居住的“镜之国”被“镜影”所掌控。光之美少女因而勇闯镜之国，与镜影、黑暗光之美少女们决战镜之国。
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爱、美希、祈里和刹那四人举行睡衣派对的夜晚中，镇上的玩具一而再的消失。突然间爱的娃娃“兔宝宝”竟从橱柜里走出来，并且告诉她们说孩子们的玩具不断消失的原因，是因为想征服世界的“玩具魔神”的诡计。好不容易来到了众多玩具的故乡“玩具王国”，可是玩具魔神却用众多的秘密机关设法夺取光之美少女。兔宝宝跟随着玩具们消失，许多孩子悲痛…
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“虹色之花”，是连接着一众精灵和一众光之美少女世界的特殊的花朵，长期以来为了保护自己而隐藏在地球的某处，可是过去被光之美少女们打败的黑暗力量在宇宙的某处集合并且诞生了新的更为强大的黑暗力量，而如今这黑暗力量为了让地球彻底陷入黑暗而盯上了“虹色之花”，并且让一众光之美少女四分五裂，但是光之美少女们并没有陷入绝望一心相信这…
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这次的故事背景世界观完全和第八季动画一致。故事发生在充满了音乐的城市加音町，从小就在这座城市长大的北条响、南野奏是一对青梅竹马，长大后性格完全不合的两人为了一颗正义之心惩恶扬善而再次走到了一起，变身为强大的音乐战士与恶势力坚决做斗争。
